中国农业科学院农业资源与农业区划研究所于2003年5月由中国农业科学院土壤肥料研究所（成立于1957年8月）与农业自然资源和农业区划研究所（成立于1979年2月）整合组建而成。是以土壤肥料、农业资源利用和区域发展为主导的国家级公益性综合研究机构。
截止2012年4月，全所在职职工309人，其中高级职称研究人员138人，研究人员中59%具有博士学位，研究生导师92名。
作为国家级农业资源与环境研究中心，研究所以服务于国家经济建设、农业发展和农民增收为主要目标，以承担国家、国际合作研究项目，为本领域培养人才为主要任务，面向全国研究探索农业资源环境领域中的理论与方法、农业发展战略、区域布局与结构调整、农业生产实用技术等问题，培养农业高级人才。
根据国家战略需求与学科发展规划，研究所围绕植物营养与肥料、农业遥感、区域农业发展与生态环境建设、现代土壤学和农业微生物资源与利用5大重点学科领域，组建了5支院级科技创新团队。为促进院级创新团队健康成长与可持续发展，在院级创新团队内依据优势研究方向，组建了植物营养、肥料、农业遥感、土壤、农业微生物、农业水资源、现代耕作制、农业生态与环境、草地科学、农业资源管理、农业区域发展、食用菌和农情信息等13个所级学科团队（研究室）。
研究所现有1个国家工程实验室（耕地培育技术国家工程实验室），4个农业部重点开放实验室（“植物营养与肥料[综合]”、“农业信息技术[综合]”、“面源污染控制【专业】”和“农业微生物资源收集与保藏【专业】”重点开放实验室），设有“国家化肥质量监督检验中心”、“农业部微生物肥料和食用菌菌种质量监督检验测试中心”和“中国农业微生物菌种保藏管理中心”，建有实验站（基地）9个、试验协作网3个，是国家发改委甲级农业工程咨询资质单位，全国农业资源区划资料库管理单位，全国农业资源信息中心和国土资源农业利用研究中心的依托单位，也是国家遥感中心农业应用部、农业部遥感应用中心研究部、中国农业科学院农业知识产权中心、中国植物营养与肥料学会和中国
农业资源与区划学会的挂靠单位。研究所编辑出版《植物营养与肥料学报》、《中国土壤与
肥料》、《中国农业资源与区划》、《中国农业信息》和《农业科研经济管理》等学术刊物。
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