1 消除日粮中抗营养因子
1.1 消除麦类日粮中可溶性非淀粉多糖产生的粘性 在麦类饲料中非淀粉多糖(Non-starch polysaccharide，NSP)的含量较高，尤其是其中的可溶性非淀粉多糖(Solublenon-starch polysaccharide，SNSP)部分具有较强的抗营养作用，主要为葡聚糖和阿拉伯木聚糖。
    SNSP本身的结构特点决定了其具有溶于水后产生粘性和持水力强等特性，这也正是SNSP产生抗营养作用的主要原因(White等，1981；Bedford等，1991),畜禽采食麦类日粮会导致小肠食糜粘性增加，胃肠运动和机械混合能力降低，从而阻碍消化酶与底物之间的相互结合及可吸收营养物质向肠壁的扩散，养分的消化与吸收也随之降低。
1.2 破坏植物细胞壁 植物细胞壁主要由纤维素、半纤维素和果胶等非淀粉多糖组成，也含有少量蛋白质、酚类和脂肪酸等物质。这些物质通过氢键或共价键相互交联结合共同构成细胞壁结构，支持和保护细胞内容物。其中，纤维素主要形成细胞壁框架结构，而以阿拉伯木聚糖和R-葡聚糖为主的半纤维素及果胶等基质多糖，将纤维素骨架包围起来，起填充和连接作用。单胃动物消化道内不能分泌分解NSP的消化酶，一部分被包裹在其中养分不能被消化利用。
1.3 消除α - 半乳糖苷的抗营养作用 豆科植物的籽实中α -半乳糖苷类低聚糖含量最高，菜籽粕中的含量居中。α-半乳糖苷具有降低日粮代谢能值，引起畜禽肠胃胀气等多种抗营养作用。在畜禽日粮中添加α-半乳糖苷酶则能够水解α-半乳糖苷，提高畜禽生产性能。
1.4 消除蛋白类抗营养因子 在植物性饲料中广泛地分布着多种蛋白类抗营养因子，如胰蛋白酶抑制剂和植物凝集素等。这些抗营养因子不能够被内源蛋白酶所水解破坏，并产生抗营养作用。杨丽杰等(2000)报道，5种微生物的蛋白酶在适宜的温度和pH条件下，均能够不同程度地水解大豆中的蛋白酶抑制因子和凝集素，使其失活。这说明在饲用酶中的蛋白酶不仅能够提高饲料蛋白质的消化率，而且能降解蛋白类营养因子。
1.5 消除植酸的抗营养作用 植物性饲料中植酸不仅影响畜禽对日粮中磷的利用，还影响蛋白、氨基酸及其它矿物质元素的利用，并能够对畜禽消化道中淀粉酶和蛋白酶产生抑制作用。植酸酶可从肌醇6位上的碳原子开始水解磷酸酯键，使磷以磷酸根的形式释放出来。大量的试验证明，在畜禽日粮中添加的植酸酶可提高日粮磷的利用率，减少日粮中无机磷添加量和粪便中磷的排泄量。与此同时，植酸酶还消除植酸与蛋白质以及2价金属离子的鳌合作用，提高蛋白质(Kemme等，1999)和部分微量元素(Sebastian等，1996)的利用率。
2 优化畜禽消化道微生物菌群，保护肠道功能
    SNSP抗营养作用降低了畜禽对麦类日粮养分的利用，这些未被吸收利用的养分为消化道内微生物繁殖提供有利条件，导致消化道内微生物过度繁殖，影响畜禽的生长和健康。在日粮中添加饲用酶则有利于限制消化道内微生物过度繁殖，增加有益菌群的数量，调节肠道微生态平衡，防止肠道粘膜萎缩和支持肠粘膜屏障功能，维持维生素供应和促进矿物质的吸收，保护肝脏等都具有十分重要的作用。功能性低聚糖因其具有较高的稳定性，而难以被人和动物消化道的酶系分解。因此，功能性低聚糖可以直达大肠，被双歧杆菌等有益菌利用，促进这些有益菌增殖，而不能被有害菌所利用。这种选择性增殖作用不仅使得肠道菌群得到优化，而且使肠道微环境得到改善。
3 提高畜禽免疫机能
    许多试验研究结果表明，日粮中添加酶制剂可降低畜禽死亡率，酶对畜禽免疫机能的影响机理仍需进一步研究。推测可能是通过降解产物低聚糖起作用。功能性低聚糖可以被双歧杆菌发酵利用而产生某些抗菌素，这些抗菌素能有效抑制有害细菌的生长代谢，减少其产生的有毒物质对机体的损伤。此外，由低聚糖增殖产生的双歧杆菌，可以协同其它肠道菌群促进肠道蠕动，通过竞争肠道营养和肠上皮表面的α附位点，减少致病菌的附着机会。采用低聚异麦芽糖和低聚果糖饲喂罗非鱼的试验发现，罗非鱼血清中的补体和溶菌酶含量显著增加。